Идея с направляющими имеет право на жизнь. И хотя с ходу сразу ничего не придумывается, я бы для решения этой задачки:
1. Посмотрел в меню "Объект". Например, там есть инструмент "Выровнять и расставить". В частности вариант "Убрать перекрытия" - это было бы вообще, то-что надо, только он работает не с контурами, а с рамкой рисунка. Но может быть, есть что-то для контуров?
2. Использовал самый простой способ (вот это в вашей терминологии точно колхоз, но обеспечивает математическую точность), получить фигуры примыкающие друг к другу (без расстояний), после чего просто сдвинуть их на одинаковое количество пикселей стрелочками.
Для справки: Для того что бы перемещать объект придерживаясь осей и привязки объекта удерживайте при перемещении нажатой на клавиатуре кнопку Ctrl. Координаты в строке состояния inkscape показывают текущее положение курсора мыши.
Перемещать объект можно также с помощью стрелок на клавиатуре. В этом случае объект будет перемещаться с шагом 2 пикселя. Если удерживать при перемещении стрелками нажатой клавишу Shift, то объект будет двигаться с шагом 20 пикселей. При удержании нажатой клавиши Alt объект будет перемещаться с шагом в 1 пиксель.